当军人出轨小三时，其配偶可以采取以下措施处理：
举报：
配偶可以向军人的部队举报出轨行为。现役军人出轨会受到部队的处罚，可能会影响级别晋升，严重者甚至可能被开除。
离婚：
根据《民法典》第一千零八十一条的规定，如果军人一方有重大过错，其配偶可以要求离婚，无需征得军人同意。
损害赔偿：
配偶可以要求离婚损害赔偿。根据《民法典》第一千零七十九条第三款前三项规定，如有重婚、与他人同居等重大过错情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿。
追究小三法律责任：
如果小三明知是现役军人的配偶而与之同居或结婚，根据《刑法》第二百五十九条，小三可能构成破坏军婚罪，配偶可以向法院起诉追究其法律责任。
以上措施均基于现行法律法规，具体处理方式可能因案件具体情况而异。建议咨询专业律师获取更准确的法律意见