公司可以通过以下方式保护自己：
建立知识产权管理机构
设立专门负责知识产权管理的机构，制定公司知识产权策略，监督制度的实施，确保知识产权工作落到实处。
加强员工培训
对员工进行知识产权专题培训，增强知识产权保护意识，定期或不定期开设知识产权及相关法律课程。
维护自身知识产权
在商业合作或交易中注意保护自己的知识产权，避免泄露或侵犯，定期检查自身权益是否受到侵害，并及时采取维权措施。
合理利用诉讼
将诉讼作为知识产权保护的最后手段，合理利用诉讼不仅可解决纠纷，还可树立公司强有力的知识产权保护形象。
保护商业秘密安全
建立和完善企业商业秘密保密机制，与员工签订保密协议，安装保密系统和监控设备，严格管理商业秘密资料的保存和使用。
规范合同和协议
在与合作伙伴签订合同时，明确保密条款和违约责任，确保合同的法律效力。
提高员工保密意识
通过签订保密协议、增加竞业限制规定、进行法律知识培训等措施，提高员工对商业秘密的保护意识。
制定完善的商业秘密管理制度
明确商业秘密的内容、范围及涉密对象，实施有效的保密措施，并建立奖惩机制。
建立物理设施和技术措施
安装保密系统，对企业内部往来文件进行监控，防止商业秘密泄露。
及时注册商标
及时办理商标注册手续，包括相似商标，避免三年内不使用，并定期进行商标权相关法律规定的培训。
通过以上措施，公司可以有效地保护自己的知识产权和商业秘密，避免不必要的风险和损失。