民事调解作为一种纠纷解决方式，虽然具有高效、灵活等优点，但也存在一些弊端，主要包括以下几个方面：
随意启动调解程序
调解程序缺乏独立性和明确性，法官可以随时启动调解，导致调解的随意性较大。
这种做法可能违背当事人主义的调解原则，使当事人的诉讼权利受到一定压制，并可能导致“强制调解”和“恣意性调解”的发生。
调解无具体期限，限制当事人的上诉权
由于调解和审判可以动态转换，法官可以随时主动决定进入调解程序，这可能导致调解过程过长，甚至变相剥夺当事人的上诉权。
调解书一经生效，即具有法律效力，当事人不得再行起诉或上诉，限制了上一级法院的司法监督功能。
主文内容不明确
调解书制作主体多样，专业水平参差不齐，导致调解书主文内容不明确，容易引发争议和执行困难。
分期履行调解书产生多起执行案件
部分调解书没有明确约定如果任何一期不履行，原告有权就所有被告未履行债务申请执行的条款，导致申请执行人多次申请执行，浪费司法资源。
调解书约定的民事责任、条件等条款易引发争议
调解书可以约定民事责任、担保、条件等条款，这些条款在执行程序中容易引发争议，可能通过另诉解决，影响执行效率。
违背调解的原则
一些审判人员在调解过程中可能存在“以劝压调”、“以拖压调”、“以判压调”和“以诱促调”等现象，违背了调解的原则和公正性。
桎梏于原则的调解
一些审判人员过于坚持查清事实、分清是非，即使双方当事人已达成互谅互让的协议，仍不同意以调解结案，导致调解效率低下。
不稳定的调解
调解书往往不能同时送达双方当事人，导致后一方当事人在签收时可能充分权衡调解书内容，造成客观上的不平等。
无原则的调解
一些审判人员为了追求调解速度，对违法违规问题视而不见，甚至将其作为迫使当事人达成协议的筹码，导致调解结果不公。
调解比例和成效与预期之间存在差距
尽管调解已成为主流纠纷解决方法，但实践中调解比例和成效并不理想，当事人行使处分权受到限制，未能实现真正的自主和解。
综上所述，民事调解在实际操作中仍存在诸多问题，需要进一步完善相关制度和规范，以确保调解的公正性、有效性和效率性。