平潭综合实验区管理违建的部门包括：
金井片区局：
负责开展新增“两违”集中攻坚行动，拆除违建，并建立健全长效管控机制。
平潭综合实验区公安局交通警察支队：
负责交通违建的查处。
城乡规划部门：
负责处理未经批准、超过规定范围或违反规划的建筑物违法行为。
建设部门：
负责处理未经审批、未取得建设工程规划许可证或违反建设工程质量安全规范的建筑物违法行为。
土地管理部门：
负责处理未经批准或违反土地利用规划的建筑物违法行为。
市政部门：
负责处理未经审批或违反城市规划的道路、桥梁、公园等市政设施违法行为。
城市管理部门：
负责处理城市中的违章建筑，有权向城乡规划部门和土地管理部门举报查处。
建议根据具体违建的类型和所在区域，选择上述相关部门进行举报或咨询，以便更有效地处理违建问题。