土方工程的管理通常涉及多个部门，具体归属取决于工程的性质和所在地的法规。以下是相关信息的整理：
高速公路和省道土石方工程
通常由省级交通厅的高速公路管理处或公路局进行管理。
土地管理部门
国务院土地管理部门是自然资源部（原国土资源部），负责全国土地的统一管理工作。
县级以上地方人民政府自然资源主管部门根据国务院规定设置，并负责土地保护、开发、利用的统一管理工作。
农业用地和非法取土
如果土方属于农业用地，可以找国土局，有些地方执法部门合一为综合执法局或城市管理部门。
非法取土行为由县级以上人民政府自然资源主管部门管理，可受到包括恢复土地原状、没收违法所得、罚款等法律处罚。
施工现场土石方
挖出的土石方归国家所有，砂、石、粘土等属于国家矿产资源范畴。
施工许可证
土方施工需要施工许可证，由建设单位申请领取。
场地平整土方
一部分属于三通一平的施工项目，由建设单位完成。
另一部分为施工单位为方便场地施工进行的地表土方平整，需上报建设单位。
根据上述信息，土方工程可能涉及自然资源部、地方政府相关部门（如交通厅、住建局、自然资源局等）以及综合执法局或城市管理部门。具体归属需根据当地法规和工程具体情况确定。