当C1驾驶证被扣12分时，您需要按照以下步骤处理：
缴纳罚款
如果交警已经开具了罚单，您可以直接前往指定的违法罚款缴纳点进行罚款缴纳，此时无需携带驾驶证。
如果尚未收到具体罚单，则需要携带驾驶证和行驶证前往交警队确认违法行为并接受处罚。
参加学习和考试
缴纳罚款后，您需要参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习可以在驾驶证核发地或违法行为地的交管部门进行，一般需要在15天内完成所有学时。
学习结束后，车辆管理所在20日内会安排科目一考试。您需要携带《培训结业证》参加考试，考试合格后，记分将被清除，并会发还您的机动车驾驶证；如果考试不合格，则需要继续参加学习和考试，直至通过为止。
重新考取科目一
对于在一个记分周期内，扣分超过12分但未满24分的，只需参加科目一考试；如果扣分达到24分或以上，则除了参加科目一考试外，还需要参加科目三的考试才能领回驾驶证。
注意时间限制
您需要在被扣12分后的15天内，找交警开具重新学习的证明，然后到交管部门参加为期5天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习，并通过考试。
通过以上步骤，您可以完成C1驾驶证被扣12分的处理，并重新获得驾驶资格。建议您尽快处理相关手续，以免影响正常驾驶。