承包改造工程可以通过以下几种方式进行：
总承包
总承包是指一个建设项目建设全过程或其中某个阶段的全部工作由一个承包单位负责组织实施。签订总承包合同需要经过招标、投标、评标和谈判协商等程序，最终由项目法人与承包商协商一致签订合同。总承包合同的当事人是总承包商和项目法人，项目中所涉及的权利和义务关系，只能在项目法人与总承包商之间发生。
分项承包
分项承包是指项目法人与各分项工程承包商分别签订某一分项工程的协议。各个承包商分别对项目法人负责，整个工程可以约定由项目法人或其中一个主要承包商管理协调。分项承包合同的优点在于给项目法人充分的灵活性，获得最好的专业承包商以及缩短工期、节省由总承包商再分包的费用等。但若缺乏管理能力，就会带来严重困难和复杂问题。
分包
分包是指总承包商在与项目法人签订某工程项目总承包合同之后，将该工程项目的某一部分工程或某一单项工程分包给分包商完成而与其签订的承包合同。分包合同的当事人是总承包商与分承包商，工程项目所涉及的权利义务关系，只能在总承包商与分承包商之间发生；项目法人与分承包商之间不直接发生合同法律关系。但是，分承包商要间接地承担总承包商对项目法人承担的相关工程项目的义务。
独立承包
独立承包是指承包单位依靠自身的力量完成承包任务，而不实行分包的承包方式。这种方式通常仅适用于规模较小、技术要求比较简单的工程以及修缮工程。
联合承包
联合承包是指由两个以上承包单位组成联合体承包一项工程任务，由参加联合的各单位推定代表统一与建设单位签订合同，共同对建设单位负责，并协调它们之间的关系。大型建筑工程或结构复杂的建筑工程，可以由两个以上的承包单位联合共同承包。共同承包的各方对承包合同的履行承担连带责任。两个以上不同资质等级的单位实行联合共同承包的，应当按照资质等级低的单位的业务许可范围承揽工程。
直接承包
直接承包就是在同一工程项目上，不同的承包单位分别与建设单位签订承包合同，各自直接对建设单位负责。
建议
选择合适的承包方式：根据工程项目的规模、复杂程度、技术要求及项目法人的管理能力等因素，选择最适合的承包方式。
注意合同管理：无论采用哪种承包方式，都应确保合同的明确性和可执行性，明确各方权利和义务，减少后期纠纷。
遵循法律法规：在承包过程中，必须遵守相关法律法规，尤其是《建筑法》等相关规定，确保承包活动的合法合规。
通过以上方式，可以选择合适的承包方式来完成农田改造工程，确保工程顺利进行并达到预期目标。